Kazuharu Arakawa
荒川 和晴 アラカワ カズハル

環境情報学部准教授
政策・メディア研究科委員
生年1979年
学位政策・メディア博士(慶應義塾大学, 2006)
略歴【学歴】
慶應義塾大学環境情報学部卒業(2002年)
同 大学院政策・メディア研究科修士課程修了(2004年)
同 大学院政策・メディア研究科博士課程修了(2006年)

【主な前職】
日本学術振興会 特別研究員(DC1, PD), 慶應義塾大学 環境情報学部 非常勤講師, 慶應義塾大学 大学院 政策・メディア研究科 特任助教, 慶應義塾大学 大学院 政策・メディア研究科 特任講師, 慶應義塾大学 大学院 政策・メディア研究科 特任准教授
専門分野バイオインフォマティクス, システム生物学, ゲノム科学
担当科目ゲノム解析ワークショップ (TTCK),総合技術論 (TTCK),経営工学 (TTCK),日本学特論 (TTCK),技術者倫理 (TTCK),基礎生態学 (TTCK),環境地理学特論 (TTCK),細胞生化学 (TTCK),食品微生物学 (TTCK),生物多様性保全学 (TTCK),基礎微生物学 (TTCK),基礎植物学 (TTCK),先端研究(BI),ゲノム工学実習 (TTCK),修士研究会,研究会(ゲノム生物学(先端生命科学)),研究会(非モデル生物のオミックス解析),研究会(非モデル生物のオミクス解析),アカデミックプロジェクト(先端生命科学A)
所属学会・団体日本バイオインフォマティクス学会, 日本分子生物学会, オープンバイオ研究会, International Society for Computational Biology, Open Bioinformatics Foundation
主要著作・論文・作品【著書】
・「水の生き物(学研の図鑑LIVE)」, (共著, 学研, 2016).
・「オープンソースで学ぶバイオインフォマティクス」(共著, 東京電機大学出版, 2008).
・「メタボローム研究の最前線」(共著, シュプリンガー・フェアラーク, 2003).
・ "Metabolomics - The Frontier of Systems Biology" (共著, Springer-Verlag, 2005).

【訳書】
・「RとBioconductorを用いたバイオインフォマティクス」(共著, シュプリンガー・フェアラーク, 2007).

【論文】
* Kono N, Tomita M, Arakawa K*, "Accelerated laboratory evolution reveals the influence of replication on the GC skew in Escherichia coli", Genome Biol. Evol., 2018, 10(11):3110-3117.
* Yoshida Y, Koutsovoulos G, Laetsch DR, Stevens L, Kumar S, Horikawa DD, Ishino K, Komine S, Kunieda T, Tomita M, Blaxter M, Arakawa K, “Comparative genomics of the tardigrades Hypsibius dujardini and Ramazzottius varieornatus”, PLoS Biol, 2017, 15(7):e2002266.
*Hashimoto T, Horikawa DD*, Saito Y, Kuwahara H, Kozuka-Hata H, Shin-I T, Minakuchi Y, Ohishi K, Motoyama A, Aizu M, Enomoto A, Kondo K, Tanaka S, Hara Y, Koshikawa S, Sagara H, Miura T, Yokobori S, Miyagawa K, Suzuki Y, Kubo T, Oyama M, Kohara Y, Fujiyama A, Arakawa K , Katayama T, Toyoda A, Kunieda T, “Extremotolerant tardigrade genome and improved radiotolerance of human cultured cells by tardigrade-unique protein”, Nature Communications, 2016, 7:12808.
* Arakawa K*, “No evidence for extensive horizontal gene transfer from the draft genome of a tardigrade”, PNAS, 2016, 113(22):E3057.
・Arakawa K, Tomita M, "Genome Analysis Workshop: a Personal Genomics class at Keio SFC", Keio SFC Journal, 2014, 14(1):158-177.
・Arakawa K, "Comparative metabolomics of anhydrobiosis in tardigrade Ramazzottius varieornatus", Journal of Japanese Society for Extremophiles, 2013, 11(2), 75-82.
・Arakawa K, Tomita M, "Merging Multiple Omics Datasets In Silico: Statistical Analyses and Data Interpretation", Methods Mol. Biol. 2013, 985:459-470.
・Arakawa K*, Tomita M, "Measures of Compositional Strand Bias Related to Replication Machinery and its Applications", Current Genomics, 2012, 13(1):4-15.
・Arakawa K, Kido N, Oshita K, Tomita M, "G-language Genome Analysis Environment with REST and SOAP Web Service Interfaces", Nucleic Acids Research, 2010, 48:W700-W705.
・Arakawa K, Suzuki H, Tomita M, "Quantitative analysis of replication-related mutation and selection pressures in bacterial chromosomes and plasmids using generalised GC skew index", BMC Genomics, 2009
・Arakawa K, Tamaki S, Kono N, Kido N, Ikegami K, Ogawa R and Tomita M, "Genome Projector: zoomable genome map with multiple views", BMC Bioinformatics, 2009, 10:31.
・Arakawa K, Suzuki H, Tomita M, "Computational Genome Analysis Using The G-language System", Genes Genomes and Genomics, 2008, 2(1): 1-13.
・Arakawa K, Tomita M, "Large-scale Modeling for Systems Biology", BIOforum Europe, 2006, 10:54-55.
・Arakawa K, Tomita M, "G-language System as a platform for large-scale analysis of high-throughput omics data", Journal of Pesticide Science, 2006, 31(3):282-288.
・Arakawa K, Yamada Y, Shinoda K, Nakayama Y, Tomita M, "GEM System: Automatic prototyping of cell-wide metabolic pathway models from genomes", BMC Bioinformatics, 2006, 7:168.
・Arakawa K, Mori K, Ikeda K, Matsuzaki T, Kobayashi Y, Tomita M, "G-language Genome Analysis Environment: a workbench for nucleotide sequence data mining", Bioinformatics, 2003, 19(2):305-306
学生諸君へ一言面白いこと、やりたいことに向けて積極的に動いていきましょう。意志をもって動き始めれば、他はあとからついてきます。
プロジェクトURLhttp://www.iab.keio.ac.jp/
個人ウェブページhttp://bioinformatician.org/
連絡先〒252-0882 神奈川県藤沢市遠藤 5322
慶應義塾大学湘南藤沢キャンパス